Структура управління закладом освіти визначається Законом України «Про освіту» та Статутом Молозького ліцею Мологівської сільської ради.
Управління закладом освіти в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
засновник – Мологівська сільська рада ;
керівник закладу освіти – директор;
колегіальний орган управління – педагогічна рада;
вищий колегіальний орган громадського самоврядування закладу – конференція учасників освітнього процесу, що скликається не менше одного разу на рік ;
у період між конференціями діє Рада закладу (збирається не менше чотирьох разів впродовж навчального року)
Піклувальна рада
Орган учнівського самоврядування – учнівська спілка «Кожен з нас лідер»